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历史回顾：瓜尔佳·皂保所平反的“晚清四大冤案之首——杨乃武与小白菜案”：
发生在清朝同治、光绪之交的“杨乃武与小白菜案”，是一件轰动朝野、家喻户晓的大案，被列为“晚清四大冤案”之一。
此案审判过程迂回曲折，跌宕起伏，柳暗花明，历经了县、府、按察司、省、刑部等七审七决，最终由当时满清王朝的最高统治者慈禧太后下旨，方得以平反昭雪。其历时时间之长，牵涉人员之多，案情之扑朔迷离，使之列为晚清四大奇案之首。从该案发生的那一刻起，刚刚创刊的《申报》就开始对它跟踪报道，与之同时的清人在笔记中也开始记录这一亘古未有的离奇案件，继之而来的戏剧、评弹、小说、影视甚至研究专著等等均将该案作为取之不尽的题材，陆续问世。这些文艺作品固然使该案情节更为曲折紧凑，扣人心弦，更能揭露封建社会中官员徇私舞弊、草菅人命的丑恶嘴脸，使之成为妇孺皆知的大案，但其虚构成分在很大程度使该案离开了事实真相。为了给读者还原案件本来面目，笔者查阅大量馆存文献资料，去伪存真，本文所叙述的，是一个剥离了虚构成分的原案。
余杭位于浙江天目山东麓，杭(州)嘉(兴)湖(州)平原西缘。自秦王政二十五年(公元前222年)设余杭县以来，至隋朝开皇九年(公元589年)，余杭一直是杭州郡治所在地。次年，杭州郡治才正式迁往钱塘，余杭成为县治，一直到2001年撤县划区，成为省城杭州的一个区。
余杭自古就是浙西重镇，风景秀丽，小桥流水，物产丰饶，名人辈出，文化底蕴深厚。清朝同治年间的余杭县城，经历了康乾盛世，商品经济相当成熟，已然是商铺林立，车水马龙了。
本案主人公杨乃武于清道光十六年(公元1836年)出生于余杭县城一个乡绅之家。杨乃武的父亲是杨朴堂，过世较早。杨家原在余杭镇居住，因清军与太平天国军的战斗毁了房屋，遂寄居在余杭城内澄清巷一姚姓家的房子里。
杨乃武，字书勋，又字子钊，曾有一兄长，名乃文，三岁时夭折，所以人们称杨乃武为“杨二先生”。杨乃武还有一个姐姐，叫杨淑英，已出嫁给叶梦堂，不幸丈夫因病早故，家内无人，因自小与杨乃武姐弟感情深厚，就常到杨乃武家居住。杨乃武先后结过三次婚，先为吴氏，早故；次为詹姓女儿，称大杨詹氏，于清同治十一年(公元1872年)农历9月8日死于难产；后又娶大杨詹氏的胞妹，称小杨詹氏，于同年农历11月3日过门。有一子一女，子名杨卿伯，女名杨浚。杨乃武当时是秀才，平常以授徒为业。
本案的另一个主人公小白菜，原名毕秀姑，乳名阿生。清咸丰六年(公元1856年)出生于余杭县仓前镇毕家堂村，其父毕承祥早逝。毕秀姑八岁时，母亲毕王氏嫁给在县衙当粮差的喻敬天为妻，人称“喻王氏”。“小白菜”这一称呼不见于当时的史籍资料，时人的笔记、《申报》的报道中也未采用此称。据考，这一称呼当是案情大白之后，文艺家在文艺作品中的创造，不少作品都以毕秀姑喜欢穿绿色小褂，系白色围裙，人又清秀灵动，就称之为“小白菜”，又因其嫁给做豆腐的葛品连，又称“豆腐西施”。本文为体现该案原貌，按史料所载称“葛毕氏”或“毕秀姑”。
毕秀姑的丈夫葛品连，乳名葛小大，仓前镇葛家村人。父亲葛奉来，早年病亡，母亲姓喻，与毕秀姑的继父喻敬天是远家族弟。因遇太平军战乱，年幼的葛品连被太平军掳走，葛喻氏无依无靠，由胞兄主婚，于清同治二年(公元1863年)改嫁给余杭县务农的沈体仁为妻，人称“沈喻氏”。次年，葛品连逃回，继父沈体仁把他推荐到县城一家豆腐店里帮工。
喻敬天与沈体仁两家比邻而居，到毕秀姑十一岁时，葛品连母亲沈喻氏与毕秀姑母亲喻王氏商量，打算聘毕秀姑给葛品连为妻。因两人的父亲都是继父，对他们的终身大事不管不问，就由两人母亲做主，毕母见葛品连为人老实，就表示同意，只等两人年纪稍长后完婚。
清同治十年(公元1871年)，毕秀姑十六岁，出落得水灵清秀，肌肤白净。这一点在官方奏折和《申报》报道中都予以认同。《申报》甚至说毕秀姑“美而艳”、“受诸极刑，而色终未衰”，沈喻氏在供词中也屡次说其“生的美”，可见毕秀姑相貌确实漂亮。在古代，女子及笄即十五岁时就可以行婚。喻敬天原先不管不问，现在却想趁机多要些彩礼，又说结婚必须要有新房。葛品连无钱满足这些要求，一时无计可施。幸而葛品连有个义母冯许氏，家资殷实，就前去说合，愿意拿出一百四十元洋钱为义子操办婚事，八十元作为彩礼送给岳父喻敬天，余下的六十元用于置办结婚酒宴。喻敬天喜不自禁，当即表示同意，并表示可以让葛品连夫妇先住在自己家，待满月后再另行租房。于是，两家请家住附近的秀才杨乃武给择定了结婚日期，定于清同治十一年(公元1872年)农历3月4日举办仪式。
较葛品连结婚早上三、四个月，清同治十年(公元1871年)农历11月，杨乃武在澄清巷口新建了三间两层楼房，并请葛品连的继父沈体仁监工。葛品连与毕秀姑结婚后，沈体仁得知杨乃武的房子除了自家居住外，还有一间余屋，就与妻子沈喻氏一起同杨乃武商量，以每月八百文的价格租一间给儿子儿媳居住，并于农历4月24日搬入。此后，杨乃武与葛品连夫妇同住一个楼房内。
葛品连在豆腐店当伙计，因做豆腐需要晚上发酵，第二天一早发卖，且店铺离家路途较远，就不得不起早贪黑，为了节省往返时间，他就经常晚上宿在店中。毕秀姑活泼外向，只身在家，闲着无事，就常到杨家串门，杨乃武性格爽朗，倒也素无避忌，相处融洽，如同一家人似的。后来，毕秀姑有时就在杨家与杨乃武同桌吃饭。在杨乃武的影响下，葛毕氏(即毕秀姑)还对读书诵经产生了兴趣，就请杨乃武教她，杨乃武也不推辞。令人常常手把手地识字背诗，秉烛夜读，笑语盈窗。
此时，杨乃武的第二任妻子大杨詹氏还在，葛毕氏与杨乃武往来频繁还未引人注意，而清同治十一年(公元1872)农历9月8日，大杨詹氏因难产去世后，葛毕氏仍和以前一样，不避嫌疑与杨乃武同吃共读。
这样过了三、四个月，葛品连有时回家甚晚，发现妻子仍然在杨家，不由起了疑心，怀疑妻子与杨乃武有奸情。他为探明情况，一连好几个晚上，从店里跑回家，躲在门外屋檐暗中偷听。可除了听到二人读书诵经外，并没有调情轻薄之事，更没有抓获奸情。但葛品连心胸狭隘，心中疑云难以消散，就向母亲沈喻氏陈说所见。沈喻氏与丈夫沈体仁住在外面，偶尔去杨乃武家看望儿子儿媳，也曾见儿媳与杨乃武同桌吃饭，早已疑心，今天听到儿子如此一说更是疑云重重。妇道人家一贯口没遮拦，沈喻氏竟添油加醋，在邻居间大肆渲染。一时间邻居们指指点点，流言四起，街谈巷议，都是杨乃武与葛毕氏的桃色消息。
大杨詹氏去世三个月后，农历11月3日，在岳母的同意下，杨乃武与大杨詹氏的胞妹詹彩凤结了婚，是为小杨詹氏。
此时，葛品连与葛毕氏之间的吵闹也开始增多。葛品连经常借故打骂妻子，但又无钱另租房子，只得依然住在杨乃武家。如此磕磕碰碰，到第二年农历6月，杨乃武以行情见涨提出要把房租提高到每月一千文，葛品连听从母亲的劝告，决定趁此机会迁居以避嫌疑。这年农历闰6月，葛品连夫妇向杨乃武说明，不再租住其房屋，搬到位于太平巷附近的岳父喻敬天的表弟王心培家隔壁居住。
王心培也早有风闻杨乃武与葛毕氏之间的风言风语，自葛品连搬来隔壁居住后，就留心观察，看杨、毕之间到底有无传闻的风流韵事。可观察数日，并没见杨乃武过来幽会葛毕氏，也没有见到葛毕氏出去。
但葛品连的疑虑并未因此消解，依旧对葛毕氏耿耿于怀，认为毕秀姑对自己不忠，常借故打骂。这年农历8月24日，葛品连嫌葛毕氏腌菜晚了时日，又将妻子痛打一顿。葛毕氏忍无可忍，寻死觅活，剪掉自己几缕头发，发誓要出家做尼姑。闹腾了许久，直到双方父母赶来调解，房东王心培也赶来劝解，才算平息风波，夫妻两人重归于好。而在街坊邻居看来，这实是葛品连借腌菜出妻子与杨乃武同吃诵经甚至通奸的恶气。
同年农历8月，杨乃武赴杭州参加癸酉科乡试，中了浙江省第一百零四名举人，是余杭县唯一一名中举的才子。按照惯例，中举者必须在张榜后的两三个月内办理确认和报到手续，否则将视为弃权处理。杨乃武的岳父詹耀昌病故后，虽然早已落葬，却还未曾除灵。因为詹家的两个儿子都已病故，没有子嗣，詹家就讨论把其兄的儿子詹善政过继给他为嗣。早就定好农历10月3日除灵，初五日举行詹善政过继礼。于是在农历10月2日，杨乃武就到杭州办理中举事宜，初三办理完毕，就从杭州直接赶往南乡岳母家中。当时同去祭奠的有詹耀昌的干兄弟、监生吴玉琨、还有沈兆行、孙殿宽等人，杨乃武于初三下午赶到祭奠，晚上住在岳母家。初五日举行詹善政过继礼，诸人都在过继书中画押作证。一切手续办完后，杨乃武于初六日返回家中。
农历10月7日这天，葛品连忽然感到身体不适，全身疲乏无力，忽冷忽热，像犯了疟疾，两腿像灌了铅，走路沉重。葛毕氏知道丈夫本来就患有流火症，劝他找人替工，回家休养。葛品连认为无甚大碍，执意不肯，支撑病体勉强上工。这样硬捱了两天，病情日趋加重。初九日早晨，葛品连实在支撑不住，只好请假回家，途中屡次呕吐。其继父沈体仁正在路边大桥店内吃早茶，见葛品连浑身哆嗦，走路艰难，心知他流火病复发，就没有叫住他，让他回家早些休息。葛品连路过一家点心店时，还买了一个粉团作早点，但刚吃了几口，走到学宫化字炉前就呕吐出来。好不容易磨蹭到家门口，王心培妻子见他两手报肩，瑟瑟发抖，问询了几句，就喊葛毕氏出来扶丈夫上楼歇息。
葛毕氏将丈夫扶到楼上，脱衣躺下，盖上两床被子，见丈夫依然呕吐，大叫发冷。询问他病情，说自己连日来体弱气虚，大概是流火病复发，嘱咐妻子拿一千文钱托岳父喻敬天代购东洋参、桂圆煮汤以补元气。喻敬天派人买回东洋参和桂圆，葛毕氏煎成汤药服下，并请王心培的妻子叫来母亲喻王氏帮助照料。喻王氏来了半日，见女婿依旧卧床发抖，时欲呕吐，既无好转也没恶化，安慰开导一番，就回去了。
傍晚时分，葛毕氏听到丈夫喉中痰响，急忙上前照料，却见丈夫口吐白沫，已经不能说话，葛毕氏高声叫喊，王心培夫妇闻声赶来，派人叫来双方母亲沈喻氏及喻王氏。二人匆匆感到，见葛品连两手在胸口乱抓，目光直视，急忙请大夫前来。大夫来到，望闻问切后，诊断为痧症，用土办法灌万年青汁、萝卜籽汤也未见效。王心培还跑出城外，把正在履行公务的喻敬天叫回家中，又另请医生延治，也无效果，葛品连捱到十日下午申时，气绝身亡。
葛氏家人悲痛欲绝，哭声震天。哭过之后，家人商量发丧出殡事宜。沈喻氏给儿子擦洗身子，换上干净衣服，准备停灵两日后入殓埋葬。当时尸体并无任何异常，所有人都认为是痧症致死，没有丝毫怀疑。
当时时令虽已是农历10月深秋天气，可南方天气闷热潮湿，屋内又通风不畅，加上死者身体肥胖，到了第二天即10月11日晚上，尸体就开始发变，口鼻中有少量淡血水流出。死者义母冯许氏见后，认为尸体怪异，提出疑问，说葛品连死得蹊跷。沈喻氏平时就对儿媳举止轻浮不满，见冯许氏提出，也不觉起了疑问。她又仔细查看了儿子尸体，见尸体面部发青，口鼻流血，面目狰狞，回想起儿子死前双手乱抓，口吐白沫，疑窦丛生，认为儿子可能是中毒死亡，就当场盘问起儿媳葛毕氏。葛毕氏一口断定丈夫是因病致死，绝无其他缘故。沈喻氏见问不出眉目，自己的疑惑又难以消除，便与家人商量告官，由官府勘验儿子是否中毒而死，如果的确不是中毒而死就入殓出殡，如果确系中毒死亡，就根究凶手，为儿申冤报仇。当下，说做就做，家人请来地保王林，由他察看尸身，王林也认为是中毒模样，同意告官，当晚便请人写好呈词。次日一早，在王林的陪伴下，沈喻氏向余杭县衙递交了请求验尸的呈词。
余杭知县刘锡彤，天津盐山人氏，清道光丁酉科顺天乡试举人，此时他已经年近七十，先前在余杭任过两年知县，这已经是他第二次担任余杭知县。他农历10月12日一大早接到诉状，见一向平静祥和的余杭竟然出了命案，即刻准备，叫来仵作(法医)沈祥和门丁沈彩泉及一班衙役前往葛家勘验，探访案情。
一伙人收拾完毕，正待出发，余杭秀才陈竹山来到县衙给刘锡彤看病。刘锡彤年迈多病，聘请陈竹山定期前来给他检视身体。两人关系密切，常来常往，已经成为无所不谈的朋友。望闻问切之余，刘锡彤向陈竹山谈起正要前去勘验的一起凶案，断明葛毕氏之夫是否确为中毒而死。陈竹山就把他在街头巷尾听到的关于杨乃武与葛毕氏的风流传闻告诉刘知县，并说其后葛品连为避嫌疑搬家，夫妻失和，一次夫妻吵架，葛毕氏哭闹着要剪发作尼姑等等，还说现在葛品连青年暴死，邻居都认为是杨乃武与葛毕氏合谋毒死。
陈竹山和刘锡彤聊到近中午时分才分别。陈竹山离开后，刘锡彤即带领仵作、门丁及衙役前去勘验。正午时分，一行人来到葛家，此时尸体腐烂加剧，肚腹膨胀，上身变青，腹部有几个水泡，一按即破。仵作沈祥勘验发现：尸身仰面，淡青色，尚未僵硬，口鼻内有淡血水流入眼耳，腹部有大泡十余个，用银针刺探咽喉，银针呈青黑色，擦之不去。在报告结论时，根据以往经验，沈祥有些犯难：这个症状与《洗冤录》所载服砒霜而死的特征应有“牙根青黑、七窍流血、嘴唇翻裂、遍身小泡”的情形不同，但与“用银针刺喉，银针变暗擦之不去”的特征却又一致。
著名的《洗冤录》，是宋朝理宗年间(公元1247年)记载奇案的书，书中全是当时仵作的验证实录，是著名的北宋王朝总提刑官宋慈的经验之作，也是全世界第一部法医名著。宋慈一生断案如神，尤其擅长验尸，能从各类尸体中找出疑案的蛛丝马迹，所著《洗冤录》已成为此后历代仵作断案的根据和标准，具有不可置疑的可信度和准确性。
沈祥想起自己曾勘验的一个名叫陈观发的死者尸体，尸体特征与此相似，陈观发是自服生烟土致死。沈祥思虑再三，就上报结论说，死者可能是服生烟土中毒而死。门丁沈彩泉在县衙时，也听到陈竹山的议论，先入为主，认为烟毒都是自己吞服，与被人毒死不同，葛品连肯定是砒霜毒死。沈祥不服气，与沈彩泉争执起来，试毒的银针本来应用皂角水多次擦洗的程序也被忘得一干二净。两人争执的结果是谁也说服不了谁，只好含糊地向陈锡彤报告称死者系“服毒身亡”。
刘锡彤一听“服毒”，立刻想起陈竹山的话，认为葛品连肯定是被人毒死。当即询问告状的沈喻氏，让她陈述葛品连死前情况，吃了什么东西，谁做饭喂服。沈喻氏把大致情形诉说一遍，特别说明死时只有儿媳在身边服侍。刘知县当即叫来葛毕氏质问，让她说出实情。葛毕氏极力矢口否认毒死丈夫，并对天发誓。刘锡彤见在葛家问不出头绪，就让衙役把葛毕氏带回县衙严审。
刘锡彤将葛毕氏带回县衙，胸有成竹，认为很快就能破案，查出凶手。他吃过午饭，稍事休息，立即升堂审问。刘锡彤因有成见在先，先问葛毕氏丈夫因何中毒身亡，威逼葛毕氏说出毒死丈夫实情。葛毕氏连呼冤枉，坚称自己毫不知情。刘锡彤用了一下午时间，审问依然毫无进展。
刘锡彤见问不出头绪，就直奔主题，打算突破葛毕氏的心理防线，逼问其是否认识杨乃武，与其什么关系。葛毕氏供认认识杨乃武，但对丈夫的死仍表示毫不知情，刘锡彤平素对奸夫淫妇深恶痛绝，见葛毕氏诡辩抵赖，目无王法，忍无可忍，下令用刑。
开始先用拶刑，葛毕氏疼得冷汗直冒，却咬紧牙关极口否认，审讯没有效果。刘锡彤又叫衙役剥去葛毕氏上衣，用开水浇在背上，仍无效果，再用烧红的铁丝刺穿葛毕氏的乳头。葛毕氏疼得撕声裂肺，几次昏死。刘锡彤审讯了近十个时辰，从下午一直审到半夜，葛毕氏最终难耐酷刑，招认了与杨乃武因日久生奸，进而谋害亲夫葛品连的“实情”。
葛毕氏供状大致如下：杨乃武刚开始还有所顾忌，但第二任妻子大杨詹氏因难产去世后，多次调戏我。清同治十二年(公元1873年)农历9月28日傍晚，丈夫去了店里，杨乃武又来调戏自己，自己素念杨乃武风流儒雅，把持不住，同意其要求。此后，两人一有时机，便行苟且之事，不计次数。次年，搬离杨家后，两人仍有来往，被丈夫察觉。农历8月24日，丈夫以自己腌制咸菜迟误生气殴打，自己剪落头发哭闹。杨乃武寻机过来劝慰，说要娶自己为妻，自己以有夫拒绝，杨就劝自己毒死丈夫，并说过门后与原妻地位身份一样，不分妻妾、大小，自己也就应承下来。农历10月初五日傍晚，杨乃武交给一包砒末，嘱咐自己寻机下手。农历10月9日上午，丈夫因流火疾返家，要我买东洋参何桂圆煎汤服用，自己就将砒霜倒入汤中，毒死丈夫。
葛毕氏做完口供，已是半夜三更。刘锡彤得到供词，一刻也不耽搁，派一王姓书办带领民壮阮德指路，前往澄清巷抓捕杨乃武。杨乃武此时早已入睡，阮德带书办敲开家门，不由分说，将杨乃武捆绑结实，带到县衙。
杨乃武脾性刚硬，半夜三更平白无故被强行带到县衙，火气十足。刘锡彤连夜鞫问，杨乃武不但极口否认与葛毕氏因奸谋毒之事，还埋怨、顶撞刘知县，说他强闯民宅，违律拘系文人，使得刘锡彤大为光火。但因杨乃武是新科举人，系天子门生，按照清朝规定，对有功名的人不得施加刑罚。刘锡彤一时束手无策，拿杨乃武毫无办法，又无法取得口供，只得暂时宣布退堂，将杨乃武押入大牢。
次日一早，刘锡彤便呈报杭州知府，因杨乃武涉嫌通奸谋毒，请求革去其举人身份。按清制，革去举人身份需由巡抚上报朝廷具题。杭州知府陈鲁见事关重大，即刻呈报浙江巡抚，由浙江巡抚报告朝廷。吏部接受具题后，研究是否批准革去杨乃武举人。
在批文尚未到达之前，杨乃武家人从各种渠道探听消息，得知杨乃武是被葛毕氏诬攀，且在供词中有农历10月5日杨乃武亲自交给她砒霜云云。家人就托人赶到杨乃武岳母家，求农历10月5日在场的本家亲友为杨乃武作证，证明他10月5日在南乡为岳父除灵，举办立继仪式，10月6日才回余杭城内，以击破葛毕氏供认的10月5日交砒霜的谎言。在岳母家人的努力下，那天参与除灵的监生吴玉琨、过继的詹善政、杨乃武的堂兄增生杨恭治及孙兆行、冯殿贵等人即向余杭知县递交了公禀，联合证明杨乃武初五日在南乡做客，不可能当面交给葛毕氏砒霜。
刘锡彤看到递交上来的公禀呈词，就安排杨乃武与葛毕氏当面对质。葛毕氏惧怕受刑，咬定原供属实。杨乃武拒不承认，还破口大骂，怒斥葛毕氏信口雌黄。刘锡彤见此，认为杨乃武家人是做假证以开脱杨乃武的罪责，对呈递的公禀不再予以理会。
由于朝廷革除杨乃武举人身份的批复还没有下来，不能对杨动刑，虽然杨乃武没有招供，但葛毕氏已将案情供认清晰，按照清律，可以认定案件初审结束。农历10月20日，刘锡彤将杨乃武、葛毕氏及相关卷宗解至杭州。此时，自沈喻氏报案以来仅九日时间，刘知县办案可谓神速，且时限、程序上均符合清律。不过，刘锡彤认为杨乃武亲朋吴玉琨等递交的杨乃武农历10月5日不在余杭的证词是伪证，不值得上报，就擅自扣压，没有连同其他卷宗上交杭州知府。而且，为了让上司看到自己办案有力、能力超群，得到上司的赏识提拔，也为了不让上司驳回案子，他在初审报告中谎称试毒的银针已用皂角水擦洗，结果“青黑不去”，与《洗冤录》所载服砒中毒情形一致等等。
随着刘锡彤把案件上交杭州知府陈鲁，该案初审宣告结束，正式进入二审程序。
杨乃武无辜蒙冤，被捕入狱，杨家顷刻之间大祸临头，一时无所适从。稍稍沉静后，家人想尽一切办法打探消息，试图营救杨乃武。妻子小杨詹氏日夜痛哭，双目尽肿，而又恰恰刚刚分娩，行动不便，只能干着急。杨乃武的姐姐杨淑英即叶杨氏平素与弟弟感情笃厚，四处托人打听县、府审讯情况，还跑到仓前镇询问钱坦的母亲和爱仁堂的伙计，她从他们口中得知他们店中从没有卖过砒霜。叶杨氏知道弟弟确系蒙冤，即打算上省告状，拼死挽救弟弟性命。可按照清制，妇女不能越级呈递状词，家人商定后，决定让过继给杨乃武岳母的詹善政作抱告，到省里向臬司、藩司、抚台衙门分别投状告冤。
清朝审级制度分成四级，即县级、府级、按察司、巡抚或总督。死刑案件应由低到高，逐级审理，最终由巡抚或总督上报朝廷备案。知府陈鲁的二审必须确定案情及罪刑，才能上报，由按察司进行三审。按察司是职掌全省案狱的专职审判机构，其最高长官称按察使，也称臬司、臬台，有审核各府上报案件的权力。
当时浙江按察司按察使是蒯贺荪，他出身举人，不像陈鲁那样蔑视读书人。接到杭州知府陈鲁呈交的案卷后，蒯贺荪并没有立刻采信审讯结果。他觉得因奸谋毒与杨乃武举人的身份不相称，因为考中举人在当时殊为不易，一旦中举，就很可能考中进士，入仕做官，前途无量。他很感蹊跷，带着疑问调阅了全部卷宗，并审查了杭州府的结案报告，还组织了两次讯问。此时，杨乃武、葛毕氏经过两次刑讯，均已心灰意冷，毫不抵抗，照前供述。蒯贺荪见案犯所供无异，又叫来初审的刘锡彤和二审的陈鲁询问审判经过，并追问审讯是否有可疑之处。刘锡彤和陈鲁二人信誓旦旦地说，此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，就召案犯、证人画押通过，将案件上报浙江巡抚。
三审就此草草结束，按察使蒯贺荪根本没有起到审核把关的作用。
按清制，死刑案件由按察使审核后，尚需报该省总督或者巡抚审问。当时闽浙设一个总督，衙门设在福州，杭州城内没有总督，只有巡抚，所以本案就由浙江巡抚负责四审。
浙江巡抚杨昌浚为人正派，在当地很有政声，深得百姓拥戴。接到案件后，为把案子办得扎实，他认真阅读卷宗，亲自审讯案犯、证人，但杨乃武、葛毕氏二人早已屈打成招，料想难以翻案，便依样画供。杨昌浚见此，并不草率结案，而决定别辟蹊径，委派手下的候补知县郑锡滜微服到余杭私访，探听民间议论，看百姓言论是否与案犯所供相符，如此深究下去，必定能水落石出。
郑锡滜到余杭后，人生地不熟，打算依靠知县刘锡彤，暗访案犯和证人家属。刘锡彤见上面来人，自然要好好表现，设宴款待。觥筹交错中，郑锡滜告诉刘锡彤此行目的。刘锡彤紧张万分，立即嘱咐陈竹山给钱坦施加压力，警告钱坦按原供交待。如此一来，郑锡滜几天的微服私访，所得的只是一些专为他准备的假情报，却自认为暗访很有效果，回到杭州向巡抚杨昌浚禀报说当地百姓对杨乃、武葛毕氏通奸杀夫切齿痛恨，该案确实“无冤无滥”，并汇报了暗访过程。杨昌浚对暗访结果深信不疑，对郑锡滜的办事能力大加赞赏，并加以提拔，去掉了其“候补”，推荐他到外地作了知县。
按清制，所有的死刑案件最后一审即四审通过后都必须由巡抚或总督上报朝廷，由朝廷批准后执行。清同治十二年(公元1873)农历12月20日，杨昌浚根据审问和暗访结果，完成了结案报告，认为该案证据确凿，维持原判，上报朝廷。四审是终审，只等朝廷批准就可对杨乃武、葛毕氏执行死刑。
杨乃武与葛毕氏一案，从一开始就引起人们的高度关注。清同治十一年(公元1872年)创刊的《申报》从该案发生的第二个月起就开始跟踪报道，浙省民众及在京的浙江官员知晓在本乡文人中竟发生此类大伤风雅的事情，无不惊愕，也开始关注此案。
杨乃武从家人口中得知浙江巡抚即将把该案递交给朝廷审核，心知如果错过此次机会，将永无翻身之机，就在狱中写了一篇亲笔申诉状，陈述自己实因葛毕氏诬陷而被拘捕，审判官刑讯逼供而屈打成招的事实。在供诉状中，杨乃武列出案件审判存在的八条疑问，例如为何不让自己与钱宝生当面对质；倘自己与葛毕氏通奸，当不会令葛毕氏迁居等等。同时，为了让朝廷相信自己确实是被诬攀，可以更好地翻案，杨乃武捏造了不少攻击葛毕氏的文字，又增添了两个无中生有的情节：一是葛毕氏与余杭县衙役及里书何春芳有私情，曾被葛品连发觉并殴打；二是余杭县令刘锡彤的儿子刘子翰及其好友民壮阮德在葛品连死后，曾向杨乃武勒索讹诈，被杨乃武拒绝后，串通其父恃权蓄意谋害。杨乃武委托家人将此呈诉材料向各衙门申诉，但都没有引起浙江巡抚和臬司等地方官员的重视。
杨乃武的家人一直没有放弃营救杨乃武的行动。姐姐杨淑英(即叶杨氏)一直在为弟弟奔波劳碌，不怕抛头露面；妻子詹彩凤(即小杨詹氏)虽然刚分娩不久，也带着襁褓中的孩子去杭州各衙门哭诉冤情。清同治十三年(公元1874年)农历4月，叶杨氏带着杨乃武在狱中写的申诉材料，叫上杨乃武岳母家的长工王廷南、王阿木，从上海乘轮船,历经二十余天赶到北京。他们先去拜访了一位在京的同乡官僚，经他指点，知道应该向都察院递交申诉材料。都察院是清朝设置的中央监察机关，负责参预和监督司法审判工作，有权对全国上下大小官吏的一切违法犯罪活动纠察弹劾，对重大刑事案件也有权会同刑部、大理寺共同审理。
在递交申诉材料时，却意外发生了一个小插曲。因为清廷规定女子不能至都察院递交申诉材料，叶杨氏就和王廷南、王阿木商量半天，确定由王廷南进都察院递交材料。当时，已经将递交人情况报告给都察院，正准备递交，走到都察院门前，王廷南心里发怵，突然变卦，借口说自己目力不济，要王阿木代替自己递交。王阿木只得声称自己就是王廷南，递交了申诉材料。
都察院接受呈词后，以叶杨氏、王廷南、王阿木等人越级上告，违反律制，派人将其押送回乡，责令以后不准再告，同时，下文给浙江巡抚，要求复审此案，务必查出漏洞和可疑之处。浙江巡抚杨昌浚接到都察院命令，认为既为无可置疑的铁案，很是不屑，就将该案交给原审结案的杭州知府陈鲁审查。
陈鲁虽认定此案已经案情大白，铁证如山，但上级命令又不敢违抗，就又另外传讯了地保王林、房东王心培等证人。几个证人见犯人早已供认，也胡乱供认以免沾惹是非。陈鲁见与原审无异，仍旧按照原审判决再次上报浙江巡抚杨昌浚，杨昌浚随之上报都察院。都察院见案情无任何疑问，可以结案。五审也草草收场。
其间，杨乃武家人三番五次去仓前镇爱仁堂药铺找“钱宝生”，软硬兼施，央求“钱宝生”证明杨乃武没有在彼处买砒。钱坦怕受知县刘锡彤的打压，死活不答应杨氏家人，后来被缠得无法，就只有外出躲避。杨乃武家人还找到葛品连的母亲沈喻氏，央求她撤回申诉，救杨乃武一命，并答应以金银田地相报。沈喻氏为子报仇心切，也不答应。同年六农历7月间，杨乃武的妻子杨詹氏还到浙江巡抚、按察司衙门上告，均无结果。
一件小小的刑事案件，竟然惊动了中央最高监察机构，又经《申报》广泛报道，杨毕一案引起全国各地的关注。尤其是浙江和北京两地，更是朝野上下，无人不晓。官员百姓对该案审讯进展情况高度关注，甚至惊动了当时红极一时的杭州红顶商人胡雪岩。
胡雪岩(公元1823～1885年)，名光墉，字雪岩，安徽绩溪人，一说杭州人。他在浙江原巡抚王有龄、闽浙总督左宗棠的支持下，开办钱庄，设举洋务，后又在杭州开设胡庆余堂药店，资金达三千多万，田地一万亩，捐了个江西候补道的功名，成为煊赫一方的官商。他为人乐善好施，仗义疏财。杨乃武案发生时，胡雪岩正在杭州筹办胡庆余堂，他的一个幕友吴以同与杨乃武同为癸酉科乡试举人，深知杨乃武为人正派，此次获罪必有冤情，就把杨乃武姐姐叶杨氏上京告状并准备冒死二次进京上告的情况告诉了胡雪岩。胡雪岩大为触动，深表同情，委托吴以同把叶杨氏引荐过来，答应资助他们全家的进京上告的路费和在京的所有生活用度。
得到了胡雪岩的资助，叶杨氏准备第二次进京告御状。此时恰好有个浙江籍的京官、翰林院编修夏同善丁忧服阙回京，胡雪岩为其饯行，请吴以同作陪。席间，胡雪岩、吴以同向夏同善陈述了杨乃武冤案经过，并央其在京设法帮助。夏同善深为家乡有此冤案震惊，表示将极尽所能帮助，并留下了其在北京的住址。
这年农历7月，杨乃武妻子詹彩凤随带其娘家的帮工姚士法进京上告。两人走了两个多月方才赶到北京，按照地址找到了夏同善。在夏同善的指点下，詹杨氏向步军统领衙门递交了杨乃武的申诉材料。这一申诉材料被《申报》以《浙江余杭杨氏二次叩阍原呈底稿》为题全文刊登出来，使杨乃武的申诉理由广为传播，几乎人人皆知。同时也给步军统领衙门带来很大压力，不能再应付差使，只得将材料上奏慈禧皇太后和皇上。不久，谕旨下来，将案件交浙江巡抚与臬司即按察使共同审理，复查此案，务须查出实情，以成信谳。
浙江巡抚杨昌浚得到圣旨，不敢再象上次一样交杭州知府陈鲁审讯。他绞尽脑汁，试图另辟蹊径，想到由局外人审判此案可能会更为中立客观，不会先入为主，就委托刚刚到任的浙江湖州知府锡光以及绍兴知府龚嘉俊、富阳知县许嘉德、黄岩知县陈宝善等几个下属共同审理。在交接案件时，杨昌浚还对他们谆谆教诲，强调应秉公执法，不枉不滥。几个下属在上司面前自然点头哈腰，唯唯称是。
几个下属也不糊涂，深知承审此案万万不能审得与上司结果不同，不然纯粹是与上司过不去，自讨苦吃。在审讯时，他们就没有敢动刑罚。杨乃武见此次审讯是朝廷圣旨下令，又没有动刑，知道所写申诉材料起了作用，就推翻原来所有的有罪供认，重新说明自己与此案毫无瓜葛。葛毕氏也趁机全部翻供，否认自己毒死丈夫。湖州知府锡光一看情况不妙，这样下去会无法收拾，审了一次就找了个借口退出审问团。其后的几次审讯中，主要由绍兴知府龚嘉俊主审，两位知县作辅。审来审去，杨毕二位主犯就是不供有罪，毫无头绪，既无法维持原来判决，又难以推翻原先审判。正在三位审问官无台阶可下时，恰好同治皇帝驾崩，又适逢浙江省三年一次的大考，案件审讯就不得不暂停。其后迁延日久，三位审问官主动递交辞呈，请求另择大员审理。
六审就这样毫无结果，不了了之。
同治皇帝死后，清光绪皇帝于次年(公元1875年)农历1月20日继位。按照惯例，新皇帝登基继位，为显示天子之仁爱宽厚，都要大赦天下。但杨毕一案因审而未结，案情重大，悖逆人伦，罪大恶极，不在特赦之列。
六审中杨乃武与葛毕氏双双翻供的消息，经《申报》报道后立刻传遍各地。案件扑朔迷离，久久拖延，引起朝野上下的种种猜测。这年农历4月24日，刑部给事中王书瑞忍无可忍，首先发难，向皇帝递呈奏折，弹劾浙江巡抚杨昌浚等人“复审案件，意存瞻徇”，故意迁延时日，谋图不轨，企图等杨、毕等犯人和有关证人关死狱中，即可草率结案，维持初审判决，以利考成。王书瑞愤慨之余，请求皇上及两宫太后另派京都大员查办此案，务释众疑。奏折一出，应者云集，矛头直指浙江巡抚杨昌浚。杨昌浚上书辩解，说自己绝非有意迁延，实在是因恰逢封篆，又遇上国恤，兼有本省科考，又说杨、毕虽然屡次翻供，但药店“钱宝生”供词始终如一，并供出杨乃武家属常到其店中滋闹，逼胁他翻供以救人命，案情变幻反复，正在研求实情等等。但清光绪帝迫于舆论和大臣压力，钦定浙江学政胡瑞澜全权接审此案，并严命杨昌浚将杨、毕及涉案重要证人仔细看管，如果万一在狱中瘐毙，将予严惩。
清朝各省、府、县均设有学政。学政负责当地科举考试、遴选人才等，通常由饱学之士担任。浙江学政胡瑞澜就是一位公认的学富五车的人物，在当地也颇有些名望。朝廷圣旨钦点他负责审办杨、毕一案时，胡瑞澜正忙于当年浙江省的考选，杨昌浚把未审结的案件卷宗、案犯及要证等转交给他时，他正忙得一塌糊涂，急得焦头烂额，直到他忙完考选事宜后，才开始着手阅览卷宗，正式审理此案。
毋庸置疑，作为学政，职掌全省的科考、人才遴选大事，胡瑞澜学识深厚，堪称饱学之士，十分称职，但对于审判案件尤其是错综复杂的刑事案件，则有些力不从心，何况以前从未接管审理过案件。他自己也担心办不好这一万众瞩目的疑案，圣上又没有选派其他官员同审，只好奏明皇上，请求允准自己从下属中选出几个官员共同审理，表明自己没有暗箱操作，保证案情公开，秉公执法。观察了半月，他最终选定宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚世潼四人参与审讯。这四人均非原审官员，没有必要回护偏袒任何一方。
尽管如此，因才力所限，胡瑞澜依然没有抓住案件的关键核心所在。他没有从案件的源头抓起，而是针对杨乃武的申诉材料展开调查。经过废寝忘食、夜以继日的劳作，胡瑞澜果然发现了杨乃武申诉材料中的大量捏造诬陷之处。如杨乃武在申诉中说葛品连之所以搬出另寻租处，是因杨乃武告知葛品连葛毕氏有不轨行为，致葛毕氏遭到丈夫殴打，从而对杨乃武怀恨在心，诬告杨与其通奸谋毒；又如，杨乃武说知县之子刘子翰及民壮阮德向其敲诈勒索钱财不成，遂诬陷杨与葛毕氏偷奸；再如他称葛毕氏与何春芳有奸情，以借此证明葛毕氏与自己原先就有仇隙，葛毕氏有诬陷自己的动机，借以洗脱自己的罪名。
胡瑞澜针对这些事件进行了不辞劳苦的调查，结果查明杨乃武申诉材料里所列的这些事实根本就不存在。余杭知县刘锡彤的儿子并不叫刘子翰，而叫刘海升，已经于清同治十二年(公元1873年)农历4月回到天津本籍老家，案发时并不在余杭。胡瑞澜还查明，杨乃武家人的不少做法令人起疑。如他们去葛品连母亲沈喻氏家中跪求沈喻氏撤回呈诉，去仓前镇强迫“钱宝生”取回原供具结。连王阿木冒名王廷南到都察院递交申诉材料也被胡瑞澜查了出来。胡瑞澜就此认为杨乃武做贼心虚，企图掩盖事实，销证灭迹。从这里入手，胡瑞澜对杨、毕连夜进行熬审，并施用酷刑。杨乃武、葛毕氏支撑不住，只得照原供诬服。
清光绪元年(公元1875年)农历10月3日，胡瑞澜上奏皇帝和皇太后，称此案无有冤滥，拟按原审判罚定罪。葛毕氏以因奸同谋杀夫罪，拟凌迟处死，杨乃武以奸夫起意杀死亲夫罪，拟斩立决，又以作假呈词京控，罪加一等；钱宝生拟以私卖砒霜致成人命罪，拟杖八十；王阿木以强令钱宝生递交悔呈，又为叶杨氏作抱京控，与王廷南、姚士法等拟杖八十；杨恭治、吴玉琨等为杨乃武具呈作证，递具公禀，因不知杨乃武因奸谋命情事，与并未通奸之何春芳，并未诈赃之阮德，均不予追究罪责。
七审结案。写作结案报告时，因案件经多人审理，案犯、证人所供各不尽同，甚至前后矛盾。胡瑞澜在奏折中陈述案件大概时，费了一番心思，极力将案中矛盾之处雕饰圆滑周密。如清同治十二年公元1873年农历8月24日，有人说该日杨乃武在葛毕氏房内调戏，被葛品连撞见，杨逃避，葛品连向葛毕氏盘问出实情，殴打妻子，邻居前来劝解，葛品连借口说是因嫌妻子腌菜迟误吵闹；另一说是葛品连因腌菜迟误殴打妻子，葛毕氏自剪其发欲出家为尼，杨乃武听闻后前往探问，走到葛家门口见房内人多，没有进去就返身而回。两种说法差别较大，胡瑞澜经过思索，将之整理为“该日虽为腌菜迟延争闹，实为与杨奸情引起”。又如沈喻氏怀疑儿子死因盘问儿媳一节，其说法也其后矛盾：先是说儿媳拒不招认谋毒情节，后又说从儿媳口中盘出与杨勾结谋毒情形，前后说法不一。胡瑞澜在上奏中则称：“葛毕氏初则言语支吾，继称杨乃武交给流火药。”如此等等，使整个结案报告看起来天衣无缝，足为定谳。
同时，胡瑞澜为了显示自己确实没有徇私舞弊，想起了给皇帝和太后上奏《招册》的方式。他把案犯杨乃武、葛毕氏的供词和沈喻氏、王林、钱宝生等证词都详尽地记录下来，随同其审理结案报告一同上奏。按清制，清朝巡抚、总督办理的死刑案件，不需要把人犯供述和证人证词上报朝廷，只需呈报审结报告即可。胡瑞澜之所以上报《招册》，无非是因该案轰动朝野，影响太大，而各方倾向又反复不一，这一公开供词和证词可以告知天下，该案审理过程没有舞弊徇私之处。
该案七审就此以杨乃武葛毕氏诬服宣告结束。
未想，胡瑞澜审结报告和《招册》一呈递，《申报》即予以报道，朝野舆论大哗，议论纷纷。
户部给事中边宝泉率先鸣起不平。农历10月18日即上奏说胡瑞澜与浙江巡抚杨昌浚“素日相好”，办理此案“外示严厉，中存偏袒”，并没有秉公执法，在关键情节上不加详究，模糊视听。又说本案中杨乃武是否冤抑撇开不说，近年来各省办结的案件，上京控告后发回原省查办，能够平反的百不得一，相沿成习，个中原因则在于案件由督办审定，复查的官吏都是下属，而官吏的升迁降贬都由上司决定，在办案中自然秉承上司意志。胡瑞澜是杨昌浚的下级，其考成由杨昌浚说了算，自然不敢得罪杨。况且，胡瑞澜本是职掌学政的文臣，从没办理过刑案，必然抓不住要害，决难平反。现在该案依然存在诸多可疑之处，难以据此定谳，舆论汹汹，请求皇上和太后审慎研究，并将该案交给刑部从头审理。
边宝泉的奏折一出，得到许多官员、百姓的支持，但却没有得到皇上和慈禧太后的恩准。上谕说，外省审理过的案件再递交到刑部重新审理，向来没有这样的先例，而且如果外省的案件都纷纷提交到刑部审理，刑部作为职掌全国刑狱的部门，根本忙不过来，何况从杭州押解证犯到京，让证犯劳累疲惫，不属仁爱之道云云。其实，皇帝之所以不愿意转交刑部审查，是因地方封疆大吏审定的要案，既已经七审七决，都无疑问，如果轻易更张，势必引起地方不服气，甚至导致朝廷不稳，为了两个平民百姓的小命导致地方中央不合，完全划不来。不过慑于朝野的舆论压力，尽管皇上不同意由刑部审理，但却同意将此案案卷交刑部详细审研，看是否有可推敲之处，一一标出，交胡瑞澜进一步查究明晰，予以答复。
刑部接旨后，经过仔细审查案卷，发现了一些疑点：一是农历8月24日杨乃武有没有进入葛品连家，有没有被葛品连撞破奸情一事。卷宗中前后上报材料说法不同。巡抚杨昌浚的报告说杨乃武进入葛家调戏葛毕氏，被葛品连撞见，毒打葛毕氏，而胡瑞澜的上奏则说当日确系因葛毕氏腌菜迟误而被丈夫责打，并未提到杨乃武进入葛家并调戏葛毕氏一事；二是关于杨乃武购买砒霜的时间问题，卷宗先说是初三日，后又说是初二日；三是钱宝生是卖砒霜的最重要证人，却仅在县审时传讯过一次，其后各次审讯均未提鞫，更未让杨乃武与之当面对质；四是杨乃武所供刘子翰与余杭知县刘锡彤之子刘海升是否同一人，为何未就此提审刘锡彤确认等等。
此时，杨乃武葛毕氏一案已成为全国瞩目的大案。尽管案件疑窦丛生，但依旧维持着葛毕氏凌迟处死、杨乃武斩立决的原判。其历经县、府、臬司、省等七审七决，每次审讯都引起社会喧动，《申报》的报道极大吸引了上至台阁官员下至平民百姓的关注，使该案成为街谈巷议的最核心话题。固然有许多人相信历经七审，杨毕一案当无冤抑，可以定为铁案，但更有不少人从一开始发现其中的疑点，想方设法地为杨乃武鸣不平。
浙江当地和京师的浙江籍官员非常关心家乡这一轰动全国的大案审理进展情况。在胡雪岩的委托下，丁忧服阙返京的夏同善发动联络在京的浙江籍官员，说家乡出此大事，对浙江官员荣誉有很大影响，既然身在京师，就应当为家乡做点实事。在他的积极努力下，至农历12月初，十八名刑部、户部等的浙江京官联名向都察院递交呈词。这十八位浙江京官是：内阁中书汪树屏、罗学成、翰林院编修许景澄、户部主事潘自疆、吏部主事陈其璋、户部主事张桢、何维杰、周福昌、吴昌祺、徐世昌、徐树观、刑部员外郎郑训承、刑部主事濮子潼、员外郎汪树堂、主事戚人铣、工部员外郎吴文谔、邵友濂、主事梁有常。他们联名的呈词由28岁的浙江余杭人李福泉作抱告呈递上去。
在呈词中，他们罗列了历次审讯中的可疑之处，又列举了他们从家乡听闻到的消息，认为刑部虽提出了不少疑点，但仍交胡瑞澜审查报告，极为不妥。胡瑞澜自然会维护其前审结论，并借此机会，绞尽脑汁为案中漏洞弥缝，使之看起来更为周密详致，到时将很难从胡呈报的材料中找到破绽，杨乃武只能冤沉海底。同时，他们在呈词中还针对谕旨中“向无此政体”，提出先皇已有提交刑部审理他省案件的先例，如道光年间刑部就审理过山西省递交的阎思虎失出案件，同治年间刑部也审理过浙江省递交的韩溥华所控犯书孙锦侵冒公款案件，以此请求皇上和太后将此疑难案件交刑部审理，以使该案确无冤纵。
正是这份呈词为杨毕一案的平反奠定了基础。
在此期间，浙江学政胡瑞澜按照圣谕，针对刑部提出的几点疑问，对杨乃武等人又进行一次提讯，此次审问杨乃武葛毕氏认为已经没有翻案可能，仍照前供述，审讯没有任何突破。
随后，胡瑞澜就上奏，一一解答刑部提出的疑问：一是农历8月24日杨乃武是否进入葛家与葛毕氏调戏，胡奏称葛品连早知杨毕奸情，实借农历8月24日腌菜迟误出气，杨当日并未来葛家；二是杨乃武买砒时间是初二还是初三日，胡奏称实际是杨乃武初二日由杭州开始乘船返回余杭，杭州到仓前镇水路四十里，傍晚到钱宝生药铺买砒，船至大东关过夜，初三清晨到家；三是“刘子翰”之名是杨乃武捏造，刘锡彤子名确系刘海升等等。胡瑞澜对这些疑问都作了细致弥缝，使整个案件看起来无懈可击。
胡瑞澜在奏折最后说，这种通奸谋毒的案件，事情极为机密，外人不能亲见，只能以当事本人供词为凭，杨乃武的奸谋是葛毕氏在余杭县初审时供出，并不是他人教唆欺诱。而杨乃武为脱罪，运用其狡猾伎俩，散播谣言，导致人们认为他确有冤抑，自己虽然秉公断案，也难免贻人口实。案情重大，人言纷纷，杨乃武的刁横又比先审时更甚，请皇上、太后另选大臣审理此案。最后，胡瑞澜奏请皇上，因余杭知县刘锡彤涉嫌徇私舞弊，请求召递军机处。
胡瑞澜第二次结案报告传出，质疑之声此起彼伏。
都察院接到浙籍十八名京官的联名呈控，感到事态重大，立即向皇上、太后奏明。皇上、太后刚刚做出“向无此政体”的谕旨，又来了奏请，虽不情愿，但迫于朝野舆论的巨大压力，再加上浙江十八名京官为了浙江读书人的脸面而联名具呈，此时刑部侍郎袁保恒与翁同龢等也看到胡瑞澜奏疏中矛盾重重，上疏称有必要对该疑案提京详细研鞫：在这众多方面的压力下，慈禧太后不得不降旨，同意杨乃武与葛毕氏一案交刑部亲自审核，秉公论断，彻底根究。
当时的舆论对杨乃武极为有利，而葛毕氏则明显处于下势。许多人包括《申报》及朝廷中的多数官员都认为杨乃武是被葛毕氏诬攀的，对杨乃武深表同情，而对葛毕氏大加挞伐，认为葛毕氏本来就是臭名昭著的荡妇，《申报》报道中也说她“本为土娼”，与葛品连并非明媒正娶，谋害葛品连是葛毕氏一人所为，因与杨乃武素有仇隙，故诬攀之乘机报复。民间甚至有传言，之所以要职掌遴选人才的学政胡瑞澜审理此案，原准备是为举人杨乃武平反的，而对葛毕氏凌迟处死的判决仍将被维持。而审理结果却是杨乃武的罪罚并未丝毫减轻，这引起人们的普遍不满。
刑部奉谕旨，接下这件已经七审七决的疑案。刑部头品顶戴尚书瓜尔佳·皂保感到责任重大，不敢丝毫拖延马虎，立即组织人马，调阅该案从一审到七审的全部卷宗，细细推敲，详加考究。同时，瓜尔佳·皂保行文通知浙江巡抚杨昌浚，务必将该案有关人犯、证人分批递解北京刑部，沿途所经县域务必给予配合，严加看守，增派兵丁，以防串供。杨昌浚虽心怀不满，但又不敢公然违抗旨令，只得遵办。
正在此时，即清光绪二年(公元1876年)农历1月16日，本案最重要的证人、钱记爱仁堂药铺的老板钱坦即钱宝生忽然在狱中暴毙身亡！
当时，钱坦关押在杭州浙江巡抚杨昌浚的监狱里。因为按清制，案件证人也必须关入牢中以便随时提审时作证，如果要出去，必须请人担保。关于钱坦的死因，胡瑞澜在上奏中说是“在监病故”，而据有的衙役说是自缢身亡，也有同狱犯人说是被刘锡彤、陈鲁买通狱卒毒死藉以灭口。而《申报》报道说，钱宝生经胡瑞澜审讯后，交差役押解回县，回到家中，骤然腹痛，随即病逝。
事件真实性已经无从考出，但钱坦直接关系杨乃武是否有买砒情实，此时关键证人的暴毙，不仅给审查带来极大影响，而且外界会滋生出诸多议论，更给刑部带来巨大压力。而此前一个月，经手此案的另外一个重要人物、负责三审的按察司按察使蒯贺荪的因病去世，给此案带来的舆论压力足可证明。蒯贺荪的儿子病故后，蒯贺荪即郁郁寡欢，不思饮食，形容逐渐枯槁，于清光绪元年(公元1875年)农历12月2日病亡。他作为杨乃武案三审的主持者，遽然病逝，坊间议论纷纷，也给刑部的查办带来困难。
刑部递解该案人犯、证人进京分三批进行。第一批是葛毕氏一人出发，兵丁衙役戒备森严，弓上弦刀出鞘，守护囚车，并安排了两个伴婆随同前往，照顾葛毕氏生活；第二批是一干证人，包括沈喻氏、沈体仁、王心培、何春芳等数十人；杨乃武一人被安排在第三批。因当时交通不变，押解犯人按规定又不能走水路，一路长途跋涉，要走两个月左右方能到京，可谓千辛万苦。故有的证人尤其是女证人实在不愿进京作证，但又毫无办法。三批涉案人员采取递解方式，每到一处，该地衙门必须提供食宿以及安保，并调出数名衙役替换原来兵丁。因系奉旨进京，朝廷还特派了一位候补知县亲自押送，寸步不离。
人犯、证人尚未到京，刑部调阅卷宗后发现不少疑点：其一，谋妇杀夫，事虽机密，但很难一点不漏痕迹，为何葛家邻居王心培从未见到杨乃武到葛家？其二，为什么沈喻氏最初向余杭县衙递交的诉状中，没有提到杨乃武？其三，为何未安排钱宝生与杨乃武对质？其四，葛品连如果系中毒身亡，其母当时就该看出迹象，为何直到第二天才递状控诉？如此等等，都需要调查清楚。
提取证人刚到京时，发生了一件事情，给本来就头绪繁杂的案件更添困难。
第二批被解送的证人一行于清光绪二年(公元1876年)农历3月27日抵京。按照惯例，刑部人员要对证人搜身检查。搜查时，衙役们从葛品连的母亲沈喻氏身上搜出一张纸条，写有“刑部司员文起暨浙江粮道如山宅内居住之刘殿臣，余杭县署内姜位隆恳托”字样。讯问沈喻氏，说是远亲姜位隆所写，让她来京投靠于文起及刘殿臣。经查，刑部司员中只有一个候补主事文超，并没有纸条上的“文起”其人。尽管纸张内容未涉及案件，但因案情重大，刑部奉旨亲鞫，不敢忽视每一个细节，于是在全国范围内通缉寻拿刘殿臣、姜位隆，一时风声鹤唳，草木皆兵。最后终于查明，姜位隆是余杭县署家人，与沈喻氏熟识，见其解京辛苦，无依无靠，就写了一张纸条，嘱咐她到京后找文超和刘殿臣帮忙资助生活用度和盘缠路费，一时粗心把“文超”写成了“文起”。瓜尔佳·皂保即刻派员将刘殿臣、姜位隆拘系到京，听候发落。此事虽系虚惊一场，也可看出刑部对该案的重视程度。
证人抵京后，刑部照例对其一一检查，却发现所押的詹善政竟然是冒名顶替者，就火速严饬浙江巡抚杨昌浚调查上报。经查，原系詹善政不愿进京，由杨乃武岳母詹张氏安排，让詹善政外出躲避，出钱由家里帮工王顺发冒名顶替进京，并教王顺发到京后如何作证。刑部还查明，爱仁堂药铺伙计杨小桥来之前得到杨乃武家属送的银洋六百元，杨家有贿买证人的嫌疑。查明原因后，浙江巡抚立刻上报刑部，并把逃匿的詹善政押解进京。
因监生吴玉琨已经于本年农历5月1日病逝，就由其妻吴张氏及邻居亲戚作出证明画押，加盖余杭县衙印结，带到刑部。钱坦母亲钱姚氏患有癫痫病，不时发作，请求不赴京作证，葛毕氏的母亲喻王氏因有年幼女儿不便入京，也请求能不赴京。浙江巡抚杨昌浚为此向刑部请示，说“案系因奸谋命，事属隐秘，本非外人所知，应取正犯确供为凭。纷纷提解，徒滋拖累”云云，请求免提钱姚氏与喻王氏进京，只写出证词画押即可。刑部对其提议断然拒绝，说该案是皇上、太后钦批，不敢稍有疏漏。杨昌浚不得不令新任浙江按察使兴奎与新任杭州知府龚嘉俊，清点证人，由候补知县刘维福带领衙役伴婆，分批将证人递解到京。未想，杨昌浚这一为民着想的举动也成为他后来获罪的原因之一。
此时刑部压力极大，严密谨慎，对卷宗进行严格审核，对查找发现出的前后供述不一的地方，更重点究查。所有涉案人员全部抵京后，刑部进行了一次大审。杨乃武见案件转交刑部审办，知道有申冤时机，就推翻前面的有罪供述，称自己农历10月5日在南乡岳母家参加立继仪式，10月6日午后才返回，根本没有通奸谋毒之事。其堂弟杨恭治、监生吴玉琨、民人詹善政在余杭县衙呈有公禀，现在药店钱宝生虽死，还有药铺伙计杨小桥和钱坦之母钱姚氏可以作证。葛毕氏也交待出实情，说明葛品连去世前后情况，并说验尸时，仵作并未指明是服何毒毙命。沈喻氏也交待出实情，说当时盘问葛毕氏，见她坚不承认，就到县衙控告，请求查验是否被毒身亡。又提讯王心培、王林、杨詹氏、叶杨氏等证人，都供出实情。刑部就据此上奏，请求再委员到浙江将涉案证人杨恭治、吴玉琨、詹善政、杨小桥、钱姚氏、喻敬天、喻王氏及仵作沈祥等人押解到京。
经过几次庭讯，各人犯、证人都交待出了自己所知实情。刑部又调查出余杭生员陈湖即陈竹山与案件关系重大，即刻饬浙江巡抚递解到京。审讯中，仵作沈祥供认，验尸时见有口鼻流血，脸色青黑，腹部有大液泡十余个，与《洗冤录》所载“服砒身死，牙根青黑，七窍流血，嘴唇翻裂，遍身发小泡”情形不符，用银针刺探喉部，也呈青黑色，就认为是服生烟土毒致死。但门丁沈彩泉坚持是服砒毒致死，县令未令擦洗银针，勘验不准。刑部又讯问当时在场的街坊邻居，都说见到沈祥与沈彩泉争执，未擦洗银针。检查余杭县衙上报案卷，只报服毒身死，没有指明何毒，又查杭州知府上报案卷，均写“七窍流血”。讯问药店伙计杨小桥及钱宝生母亲钱姚氏，确认该店没有卖过砒霜。由此种种证言，刑部确知，葛品连是何种原因死亡，难以确认。
见案犯、证人与原审出入甚大，刑部尚书瓜尔佳·皂保上奏请将余杭知县刘锡彤及门丁沈彩泉递解到京，同时请求将葛品连的尸棺也押运到京，准备重新勘验。
为确保勘验的准确真实，刑部强调挖掘葛品连尸棺必须小心谨慎，要求派出兵丁押送，沿途各州县必须严密配合，并贴上封条，以防尸棺被调包。同时，命进京的证人滞留在京，以便由亲属确认所验是否葛品连的尸体，并抽调北京最有名望的仵作参与勘验。
清光绪二年(公元1876年)农历12月9日，以刑部尚书瓜尔佳·皂保为首的刑部官员，偕同五城兵马指挥等地方官，在朝阳门外神会路海会寺前，对千里迢迢从余杭押运抵京的葛品连尸棺，进行当众开验。前来围观者人山人海，包括两个要犯、全部证人、余杭知县刘锡彤、原仵作沈祥、门丁沈彩泉等都排在前排。
打开棺材，尸体皮肉已经腐化殆尽，只剩骨殖。刑部选调的老练仵作荀义、连顺，由上至下仔细详验，发现死者卤门骨并无红晕浮出，胸部龟子骨、牙齿、牙龈、手指、足趾骨尖及周身大小骨殖均呈黄白色，并无砒霜中毒骨殖应呈青黑色的迹象，尸骨经过蒸煮也没见异常，与《洗冤录》所载正常病死符合。
最后得出权威结论：葛品连确系因病而亡，并非中砒毒而死。刑部官员又当众询问刘锡彤、仵作沈祥当时勘验情况。两人均承认当时勘验存在不符合规定的勘验程序，辨验未真，误将口鼻出血、身上青黑起泡认作服砒毒致死。至此，案情已经基本清晰。
刑部尚书瓜尔佳·皂保又令案犯证人环跪一圈，当面对质。在众目睽睽之下，没有人敢再胡编乱造。全案的来龙去脉，始末经过，至此全部水落石出。历时三年，经过七审七次误判的疑案，屡经曲折，柳暗花明，至此终于大白于天下。时为清光绪二年(公元1876年)农历12月16日。
余下的就是根据情况给各人犯、证人量刑。尽管没有了杀人犯，但审判期间的一些诬告、作弊、诬攀、假证等等都应该给予惩罚，尤其是各承审官员是否存在徇私舞弊、贪赃枉法、故入人罪的行为，更要详细查究，以惩戒后人，服信民众。
正在朝廷开始审查各承审官员责任时，在中央官员中却开始了一场争论。按清制，如果承审官员确实借案件索贿枉法、舞弊作奸、草菅人命，则将视情节轻重被判入狱甚至处死，而如果仅系疏心大意、自以为是或才疏学浅而导致冤案发生，则处罚要轻得多，顶多是撤职流放之类。县令刘锡彤的罪责比较明显，他先入为主，自以为是，致生冤抑，罪不可赎。刑部在该案刚刚审明后，即上奏皇上，请革去刘锡彤知县之职。而对于杨昌浚、胡瑞澜这样的一品大员，是否要进行查办则不是一件简单的事，竟由此扯出了朝中政治派系的争斗。
朝中官员按其立场分成了鲜明的两派。一派以大学士翁同龢、翰林院编修夏同善、张家骧为首，曾经上奏请求刑部复审此狱的边宝泉也属于此派。因他们都是浙江、江苏人，附和者也以江浙人为多，被称为江浙派，又以他们多系文臣谏官，常上疏论辩是非，又称朝议派。他们主张对承审官员严惩不贷。另一派则以四川总督丁宝桢为首，成员以湖南、湖北为多的两湖派，因该派多是封疆大吏，掌握一方大权，也称实力派。
四川总督丁宝桢曾设计杀死过慈禧太后宠爱的太监安德海，在朝中威信甚高。他从一开始就关注此案，认为原先仵作所验结果没有错误。等刑部审问的水落石出时，他跑到刑部大发雷霆，当面指责新任刑部尚书桑春荣老耄糊涂，说人埋入土中三年，毒气早已消失，毒消则骨白，认为刑部审验不足为凭。桑春荣见他气势汹汹，怕引起朝廷政治不安，就敷衍答应其慎重研究，并与头品顶戴尚书瓜尔佳·皂保商量后，先压下参革各承审大员的疏奏，以待变故。
案情又笼罩上一片阴霾。
江浙派的呼声也日渐高涨，御史王昕语气尖锐地呈递奏折，弹劾杨昌浚、胡瑞澜等承审官员，说他们“罗织无辜，锻炼成狱”，尤其是杨昌浚竟公然斥言刑部奉旨行提人证是“纷纷提解，徒滋拖累”，欺罔蔑视朝廷，瞻徇刚愎，应即以革职重办。
两派之间的争斗此消彼长，朝廷两派都不敢太过得罪，一直拖延两个多月，直到清光绪三年(公元1877年)农历2月16日，刑部的疏奏才最终递交上去。
在此篇疏奏中，瓜尔佳·皂保将杨乃武、葛毕氏一案真实经过及历次审讯过程如实详细报告，没有丝毫编造，案件方大白天下。但因牵涉到对承审官员的判罚，这篇疏奏的陈述语气和字里行间时见轻描淡写之语，以开脱承审官员罪责。如称杨乃武与葛毕氏“刑伤均已平复，确无损伤筋骨等事”，又称“历次审办不实，皆由轻信刘锡彤验报服毒酿成冤狱，先后承审各员尚非故勘故入，原验官、仵作亦无有心捏报情事”等等。最终以“沈喻氏怀疑请验，刘锡彤误验中毒，葛毕氏受刑屈招，杨乃武被刑伪供，钱坦被逼伪证，杭州府草率定案，浙江省依报照结，胡瑞澜回护属官”给该案定下调子。
刑部就此作出给各犯的判罚报告，拟处：余杭知县刘锡彤革职，从重发往黑龙江效力赎罪，年逾七十不准收赎；生员陈竹山已在监狱病死，不论；仵作沈祥杖八十，徒二年；门丁沈彩泉杖一百，流放二千里；杭州知府陈鲁、宁波知府边葆城、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚世潼、郑锡滜均革职；按察使蒯贺荪已病故，不论；训导章浚即章抡香革职；沈喻氏杖一百，徒四年；王心培杖八十；钱宝生业已病故，不论；姜位隆、刘殿臣笞四十。对于浙江巡抚杨昌浚、学政胡瑞澜因属从一品官员，其判刑“恭候钦定”。奏折上去的同一天，清朝廷即降下谕旨，将二人即行革职。
对于本案的两个主要人物杨乃武与葛毕氏，刑部尚书瓜尔佳·皂保判定：“杨乃武与葛毕氏虽无通奸，但同食教经，不知避嫌，且诬陷何春芳等人以脱己罪，杖一百，革除举人身份不予恢复。葛毕氏因与杨乃武同桌共食、诵经读诗，不守妇道，致招物议，杖八十！”——至此，“杨乃武与小白菜”一案从清同治十二年农历10月～清光绪三年农历2月，历时四年又三个月，全案审结。
杨乃武出狱时，已年四十一岁。他回到余杭老家，家人为救他已经变卖了所有家产，生活窘迫。杨乃武后靠友人协助，以养蚕种桑为生，凄苦度日，心灰意冷，很少与外人交往，他最终于民国三年(公元1914年)病逝，终年七十四岁，葬于余杭镇西北舟枕乡安山村附近。
葛毕氏出狱时，年方二十二岁，但因丈夫已死，亲友无靠，衣食无着，万念俱灰，便到余杭南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。因庵里香客寥落，她便以养鸡鸭为生，在青灯蒲团、晨钟暮鼓伴守中度过了残生，她于民国十九年(公元1930年)在庵内圆寂，终年七十五岁。其墓龛建于余杭东门文昌阁，在二十世纪五十年代的“破四旧运动”中，其墓塔被毁。二十世纪八十年代中期，人们又按原形重建于安乐山东麓。
杨乃武与小白菜一案，按死亡人数和案由来看并不起眼，但却成为中国历史上最为曲折复杂的案件之一，所引起的关注和社会效应也可堪称历史之最，以杨毕案为体裁的小说、电影、电视、戏剧层出不穷，不能不发人深思。
通过此案，人们不仅可以看到清末民间生存画卷和清朝的司法程序，看到杨乃武和小白菜这些下层百姓的凄苦无助和为官者恣意妄为、自以为是、草菅人命的作派，读到了一幅真实的生活在自己身边的冤案图景。更宝贵的是，从清朝“杨乃武与小白菜一案”中人们所看到的导致冤案形成因素，直到今天依然留有孑遗，因此，所有的当代司法公务员均应时以为鉴，清洁身操，刻提警觉。
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